端末・サーバー共にデータのコピーとか圧縮処理とかSQLへのアクセスとか
とにかく全般的に処理が遅いんですよ。

Server2003　SP2　にVM機能使って端末100台以上をつないでいます。
ちなみにSQLserver2000も稼動してます。

サーバーの能力不足が原因ですかね？

CPUはXeonE5540　2.53Ghz １個
メモリは4GB
ＨＤは200GBでシステム領域は20ＧＢです。
RAID5です（レイドカード搭載です）。