非可逆圧縮ってのは常に変換元よりも劣化するんだよ。

「同じ設定のmedia playerで取り込んで」（＝形式不明だが128kbpsの非可逆圧縮）
ということなら、取り込み時点で取り込み元（＝1枚目のCD-R）よりも劣化するよね。
よって2枚目の方が音質は落ちる。

非圧縮（WAV）やロスレス圧縮（WMAロスレス、FLAC、ALAC）で取り込めば劣化しないから
1枚目と2枚目は同じ音質になる。