オーディオデコーダーを別のものに変えてみるとか？
自分はずっとMPCV-BEの再生ではffdshowを適用して
オーデイオ再生はffdshow Audio Decoderで再生してるけど

あとはなんならバージョンをもう少し古いやつに戻してみて試してみるとか