うむ、 FolderExclude UserFolder の設定まで調査してる人がいなかったから
話題になってないように思っただけで、ググればこのバグに言及してるの
見つかりそうな気がするな

ふと思ったが、この不正なエントリ

<FolderExclude Hidden="true">C:\Users\ユーザー名\tmp</FolderExclude>

を「設定」から消すには、一旦「除外するフォルダー」に入れてから「取り出し」を押せばいけたよ

手順

1. 「バックアップ対象のフォルダー」に登録されてるフォルダの「取り出し」を行う。

 ただし同じフォルダが「バックアップ対象のフォルダー」と「除外するフォルダー」の
 両方に登録されていると「バックアップ対象のフォルダー」には表示されないので注意

2. 「除外するフォルダー」に1.で「取り出し」を行ったフォルダを追加する

3. 「除外するフォルダー」から2.で登録したフォルダを削除する

これを繰り返せば 「バックアップ対象のフォルダー」に登録してしまった
フォルダを設定ファイルから削除することができる

Config1.xml を参照しながらやるといい。あと「設定」の画面は削除しても反映されないことがあるので注意