正直、システムも含めたバックアップツールの類は純正、サード製、OSに関わらず信用してないかな？
複雑怪奇なシステム上で美味いことバックアップなんて整合性取れるとは到底思えないし実際バグだらけ
OSの設定は極力いじらないし、いじった場合はやった内容をメモしておく
アプリは極力インストーラが不要なものを選択、1箇所に固めてまるごとアーカイブでバックアップを採る
インストーラが必要なものはインストールした状態のバックアップなんて端っから期待せずインストーラの状態で保存しておく
データに関しては、フォルダ階層と置き場を決めてその中のものはバックアップツールでまるごと保存ってのはやってる