大体インストーラを避けるのだって
regにゴミが残るのが嫌なんじゃなくて、復旧作業の際にインストール作業からやるのが面倒なだけ
あと、まるごとバックアップって現状のシステムへのバックアップでなら問題起きないんだろうけど
換装やアップグレードのこと考えてないでしょ・・・