現状、32*32をチップサイズにしています。
変更は容易ですが、16*16にすると速度に不安が・・・。
まぁ、60FPSにこだわらないならいいんですが。

マップのレイヤはどうしますか?
現状2枚ですが、ポケモン宝石はハードからして2〜3枚重ねているはずで、
それっぽく再現するとなるとエディタ上で重ねて見れないと編集が厳しい
かもしれないですが・・・。
1枚ずつ編集でも問題はないと思います。
1チップ辺りのデータは現状16Bitですが、変更はできます。

ちなみにマップチップの画像は512*512か1024*1024で。
DXの仕様上2の乗数でないと問題があるので。