毎度ながら味がある、非常にクオリティが高い絵ですね。
今のところ特に意見とかは無いですので、質問のほうの解答をば。

ＢＣＢ++で「ＲＰＧを作るためのソフト」を作ってます。
コレを動かすスクリプトがＨＳＰに似ています。
今回、このゲームを作るに当たって基本的にスクリプトを書くことで
実現してゆこうと思ってます。
ソース公開もそのスクリプトのソースですね。

てことで、スクリプトの仕様をまとめた稚拙な説明書が・・・・
あとでアップしておきます。

絵のアニメ関係の実現の方法ですが、２通りあります。
単にスクリプトで実現するのが一つ。
事前にアニメＧＩＦのような専用の形式にする方法が一つ。
便宜上モーションと呼んでいますが、専用の編集ツールを使い256*256までの大きさまで。
画像形式はＰＮＧのみ、フルカラーαまでサポート。
使いにくいツールですが、通常重ね合わせ・加算・減算、時間の指定、移動ができます。
残念ながら当たり判定とか拡大縮小には対応しとりまっせん。（スクリプトでも）

通常はスクリプトとモーションを組み合わせて使います。
先のまばたきＧＩＦの例でいくなら、元絵にモーションを重ねる感じですか。

音に関してですが、いまのところ短いＷＡＶとＭＩＤＩのみ。
ＯＧＧは作ってますがまだまだ先になりそうですねぃ。

なんか説明するのが下手なので、他の説明が思いつきませんが
聞かれたら答えられると思います。