プログラマ側からの話をしていいかな？
Windows/DirectX限定の話なら、もらうデータはXファイルで無問題なんだけど、
マルチプラットホームなゲームを作るために、SDL等の海外系ライブラリを使う場合、
マルチプラットホーム対応のローダーライブラリが存在する、海外でメジャーなフォーマットがありがたい。
そういう意味では、アニメーションなしなら3DS、頂点アニメーションのみならMD2/MD3、ボーンありならms3dが一番ありがたかったり。
(obj等のテキストベースのフォーマットはマルチプラットホームでは改行コード問題がからんで不便）
そのへん全部対応してるMilkShape3DやGameSpaceはオープン系ゲームプログラマから見ると素敵な存在。
あくまで「マルチプラットホーム」な場合ね。