> 指定した領域の中の色だけを補完に使ってくれたら解決するんじゃないかと

お前さんの使っているビデオカードのドライバが悪い予感。
普通、OpenGLでテクスチャはりつけでもそんな現象起きんだろ？

texture coordinateがずれてんなら話は別だが。
試しにSrcRectの引数それぞれに+0.5を足してみるとか。

違うビデオカードでも試してみるとか。