68000(メインCPU)とZ80(サブCPU)用の汎用のコンパイラやアセンブラならあるので、
それでMDの仕様に合わせてコード書いて、機械語コード生成して、絵や音のデータともども、
自分でデータ纏めてヘッダ付け加えてMD用のイメージファイル作れる人なら、何の問題もなく作れるし動く。

質問意図が、VisualStuidoみたいなIDEとか、○○ツクールみたいなコンストラクションツールみたいに、
コードと絵と音の素材を持ってきて、GUI上でお手軽に組み合わせたら、半自動でROMイメージ作ってくれる、
みたいなものを期待してるなら、そういうのは無い。