ツクール2003まではmidi mapparに割り当てられている音源を使う
その音源がvista以降は劣化というか互換性の問題で鳴らない音が出るため
再生してもドラムしか鳴らないとかが良くある。
ツクールXP以降はMicrosoft SynthsizerというDirectXに内蔵されている音源を使い
上記の互換問題はまず出ない

2003以前で解決したい場合はmidiデータの音割り当てや音源リセットパラメータをいじるか
ユーザー側で違う音源を用意して割り当てるしかない。