最初の4行は単純にsystemデータとして扱っているものだからコック出現のフラグとは何の関係もない
コック出現のフラグの変数に最新セーブデータの情報をぶっこんでいるだけ

後半2行はゲーム作ってれば自然と気がつく内容
具体的にはちょっと前の>>284-292を見ろ