(固定遠景)＜(アニメーション)水面＜(キャラ)船＜(マップ)橋＜(キャラ)プレイヤー

マップチップは下をくぐるか上に乗るかのどちらかだからプラグイン無しでは不可能。
操作キャラでないイベントは別のイベントを通過できないから、橋をイベントにするとさらに面倒

ただやりたいこと自体はツクールのTipsにもなってる、指定のリージョンの上を通過できるようにする
階層構造のマップを作るそのものだから、階層構造プラグインとリージョンの設定だけでできるはず