Unitychanのモデルを触ったことがないかつ、顔マスクのことを知らないんだけど、
>>449
メッシュの各頂点にUV座標というもの持ってて、それを読み込んでテクスチャ（マテリアルの中の）のどの部分を表示させるか決定しています。
UnitychanのメッシュのUV座標はUnitychanのテクスチャに合わせてUV座標が割り当ててあるのだから、ほかのメッシュにしたときにおかしくなるのは当然のことです。

>>450
線や面を追加したときに、UVの設定もしました？