＜スクリプトAで、Assets内のプレハブBを、ゲームオブジェクトCとして取得する方法＞

Scece上に配置したゲームオブジェクトXに、下記のスクリプトAを登録しておきます。

public class A : MonoBehaviour {
　public GameObject B;

　// Use this for initialization
　void Start () {
　　GameObject C = (GameObject)Instantiate(B);
　}
}

Inspector上でゲームオブジェクトBを登録できるので、
Assets内のプレハブBを登録しておきます。
「Assetss」を押すと一覧が出ます。

動的にBのインスタンスを生成して、ゲームオブジェクトCとして格納します。
以下、Inspector上で登録しておいたゲームオブジェクトBは、
ゲーム内ではゲームオブジェクトCとして実体化されているので、
移動させたり、回転させたり、いろいろできます。