>>121の言うように、
セーブありのRPGみたいな感じであれば、シーン変更前にセーブして、
シーン変更後にロードでも良い気がしますね

ゲーム終了後も保持したいなら、やはり外部保存だと思います

自分のは基本パスワード式のACTなので、
セーブシステムがないので、ゲーム内でのみ保持しています

パスワードの入力によって、フラグの初期値を変更して、
その後にゲーム開始となるようにしていますね
（まっすぐゲームスタートした場合は、全フラグを初期値で開始）