やっと完璧な解決策わかりました。
その後もまた連続してオブジェクトが暗くなる症状が出て
主に>>538さんのおっしゃった通りwindow→lighting→settingの中のambient Colorの値をいじったら直りました。
というかここの値が勝手に真っ黒になる？時があるようです(勝手に変更されるのは間違いないみたいです。弄ってないのに勝手に暗くなるので)。
自分はアニメーションを再生して動きを見てた時になったりしました。
やっぱりUnityのバグでしょうか。
直し方が分かって良かったです。凄く困ってたので。