スクリプトで　プレハブを更新すると　シーンのオブジェクトの座標が原点になってしまいます。
どうすればいいでしょうか？

オブジェクトを原点に配置して　A.prefab　を作りました。
これを　複数D&Dし、　適当に配置して　シーン　B.unity　をセーブしました。
　　
スクリプトで　A.prefab　を更新しました。座標は原点のままです。
シーンファイル　B.unity　をロードしてみると、
配置したオブジェクトがすべて原点になってしまいました。
オブジェクトとプレハブとはヒモ付いていて、文字の色は青くなっており。物は更新されています。
B.unity　のソースを開いてみると　m_LocalPosition　の値は持っています。
これを読み込む段階で更新したプレハブだとトランスフォームの値が無視されて原点になってしまうのです。

プレハブを更新する時に使ったスクリプトはこんな感じです。

string pt = "Assets/Prefab/A.prefab";
GameObject pPrefab = AssetDatabase.LoadAssetAtPath(pt, typeof(GameObject)) as GameObject;
PrefabUtility.ReplacePrefab(obj, pPrefab);