推奨されないというか、Resフォルダは使ってないリソースでも実行体にぶちこまれるだけ。
スマホでの動作とかリソースのバージョンアップを想定する場合は
実行体から切り離すためアセットバンドルを使う事になる。
最近はボタンポチポチするだけでバンドル化してくれるように使い勝手が向上したから
食わず嫌いせずに試してみることをお薦めする(´・ω・｀)