そろそろ5000来そうなので機械的な変数のソートと移行可能な到達判定のマイグレーションを考えてたんですけど、
今になってデメリットに気付いたので計画凍結しました
一応参考までに考えてたこと残しておきます

・メリット
変数/スイッチにかなりの空き増加が期待できる
・デメリット
途中まで製作しているマップが作り直しになる
(特に最近浮上していないツクラー、わたる氏など)

私自身この"追従コスト"に心折れた経験があるので、やめることにしました

p.s.
5000超えの変数/スイッチについてですが、
最大数変更画面に制約があるだけで、ファイル自体に手を加えれば
UIから見える形で変数を増やすことはできます
処理落ちが不安ではあるけどー…
いざとなれば、諦める前にやってみる価値はあると思ってます
とりあえず増やしてみて、問題が出てきた時に別の道(2とか)を考えればいいかなって。