すでにCrimeBustersやLadiesOfRageなど参考になる作品が挙がっていますが
MOD内のスクリプトや各Entityの動作なんかが素直で読みやすいと個人的に感じるのが
WorldHeroesSupremeJusticeExtraとか、RocketViper2Purificationなどで入手し易いと思います。
同じRocketViperでも最近のものはメニューやプレイヤーセレクトなどもスクリプト使いまくりで
派手で凄いですが、なにもそこまでって感じなので、
MOD作成のお手本としては少し古いものをお勧めします。
特にRocketViper2Purificationあたりは、ストーリー（アクション画面上で展開）や
背景のアニメーションなど、わかり易く作られています。一通り中身を覗いてみれば
漠然とした自分のやりたい表現の手段が見えてくるんじゃないかなー？と思います。
BurnigFoxSilverEditionあたりも良いかもしれません。