上の時点で不具合が発生する場合、BoRPAK.exeのプロパティで管理者権限にしてみたり、
XP（SP3）モードにしてみるなり、先ずはWindowsの権限を開放しましょう。
あとはアンチウィルスソフトで隔離されていないか確認です。

さて、もう一度PAKファイルに戻すには。私の場合は付属のCompile.batを使っています。
デスクトップに適当なフォルダ（MakePAKとか）を作成して、
そこにChronoCrashからDLした、BoRPAK.exeと付属の〜.bat ファイルを入れ、Dataフォルダも入れます。
そして、Compile.batと管理者として実行すれば、同じフォルダにMyGame.pakが作成されます。
これを適当にリネームしたら出来上がりです。

何もファイルが作成されない。Permission Denied 的なエラーはWindowsの権限不足か
アンチウィルスソフトが何かしてる事が殆どなので、その辺を確認してみてください。

何かのお役に立てばです。