>>151ですが、完全に自分の勘違いでした。
dataフォルダの直下にoverrideを入れていたのでパッチが反応しなかっただけのようです。
（なぜかdata直下に入れるものだと思いこんでいました）
systemに入れ直したら通常通りパッチ反映してくれました。