多分解決。

棋譜の問題じゃなくてBook構築時の問題でした。
４０手目までBook登録しているのですが、４０手目以前に全滅した時の
終局判定が漏れていて、無いはずの矛盾した後続の盤面を作ってました。
普段は全く影響でないのですが、Bookまとめて読みだして処理をかける時
だけ出てくる奴です。

昨夜学習開始しましたが、まだ問題箇所を全部通過したわけではありません。
が、たぶん大丈夫だと思う。昼過ぎにはわかるはず。

Book再構築に１時間と、学習に丸１日以上かな。
明日の朝までには第一陣の学習が終わるかな？

まだ学習回数不足で評価値が安定していなので、バグが快勝していても、
しばらくは時間がかかりそうです。