アニメーションもプラグイン化してMVに逆輸入しようと思えば出来るけどね
MITライセンスだしeffekseer.min.jsは自由に使って良いはず。effekseerファイルを誰もMVで動かそうと思わなかっただけだよ

effekseerの挙動検証している人もいるけど実際問題、理想と現実の差があるみたいよ
エディタ上と実行ファイルで挙動が変わったり、PCとスマホで挙動が変わったり
使用するメモリ領域が違うからリッチなアニメーションだと一部表示が削られたり原因不明な課題が多そう
これで実行環境が固定ならまだやりようがあるけど、ツクールのプレイ環境や使用方法は千差万別だから汎用化に苦労しそう