こちらでも検証しましたが
ニューゲーム→メニューからタイトルへ→オートセーブが上書きされない
ニューゲーム→ゲームのウィンドウを閉じて強制終了→オートセーブされてしまう
という状況でした
>>458さんのスクリプトをプラグインとして入れておけばどんな状況でもスイッチが入ってない限りはオートセーブが行われないので
こちらを使わせていただいています