縦2マスのキャラクターを、縦3マスの真ん中に配置したらいいんじゃないの？
余白はいくらあってもいいんだし
そういうことじゃないのかな

(() => {
"use strict";
const _SpriteCharacter_initMembers = Sprite_Character.prototype.initMembers;
Sprite_Character.prototype.initMembers = function() {
_SpriteCharacter_initMembers.apply(this, arguments);
this.anchor.y = 0.5;
};
})();

↾でたぶん縦も中央揃えになるけど、何もかもそうなるはずだから何が起こるか知らんｗ