試した結果マテリアルには問題はないようです。
Start() でPrefabを読みこんで
ボタンを押してchangeColor()で色を変更してセーブボタンでセーブするという流れなのですが
changeColor()を実行しても色が変わらないのです。
そしてSave()をするとエラーが起こりピンクになります
void Start()
{
Gameplayer = PrefabUtility.LoadPrefabContents(path);

int count = Gameplayer.transform.childCount; // 子要素の数

for (int i = 0; i < count; i++)
{
obj[i] = Gameplayer.transform.GetChild(i).gameObject;
Debug.Log(obj[i]);
}
}

public void changeColor()
{
Gameplayer.GetComponent<Renderer>().material = materials[0];
Debug.Log(Gameplayer.GetComponent<Renderer>().material.color);
}

public void Save()
{
PrefabUtility.SaveAsPrefabAsset(Gameplayer, path);
PrefabUtility.UnloadPrefabContents(Gameplayer);
Debug.Log(Gameplayer.GetComponent<Renderer>().material.color);
}