マップレイヤーはその名の通り層のこと
数字が大きいほど上に表示される

ABCはタイルセットの分類
Aはオートタイルが含まれる
B~Eはオートタイルなしで、ぶっちゃけ全部同じもの
４つまでタイルセット画像を登録できるってだけよ