データを書き換えたのに「書き換えてない」とツクール側で判定してデータが更新されないバグには何度か遭遇したことがある
道具屋マップから出口イベントをctrl+xで切りとってからセーブ後にctrl+vで張り付け直して再度セーブすることで改善するかもしれない