godotあんま触っていからエアプかもしれんけど各ノードでやってもいいと思うよ

SaveGroup作ってグループからノード取得
↓
ダックタイピングorセーブベースみたいなクラス継承してるそれぞれのセーブ関数とロード関数一括で呼び出す

それぞれのセーブ、ロードの実装は
各ノードでやれば全部の配置考える必要ないから
追加・削除が楽