シーン上にプレイヤーオブジェクトをダイレクトに設置してない？
恐らく内部処理的に、シーンが切り替わったら変身前のプレイヤーオブジェクトがシーン上に存在するかしないかを判定してるんだと思う

変身前のプレイヤーオブジェクトのスタート処理に、変身後のオブジェクトが存在したら消滅する処理を入れる
またはシーン上に変身前のプレイヤーオブジェクトをダイレクトに置かず、条件でプレイヤーオブジェクトをポップさせる透明オブジェクトを置く

って感じで対応してみてはどうだろ