ストーリーってのは単なる「物語」のこと
つまり全体に統一性を持たせるためのあらすじと思っておけばよい

それに対して、シナリオ≒スクリプト、つまり、
セリフを考え、表情をつけ、演出を入れ、って具体的に決めること
その性質上、会話が中心となりがちだが、
キャラの勝利ポーズといったシーンの演出を入れるゲームはすべて、
普通に作っているだけでシナリオを直接的に書いているのと同じ