通常、基幹のスクリプトを書き換える時は、プラグインで後から「上書き」する形にする。
だから、アップデートで基幹のスクリプトが更新されても、それも「上書き」されるので影響がない。

ただ、上書きせずに元のファイルを書き換えていたらリセットされると思う。
（試したことはないが）