すみません、誤解がありました
「サンプルシーンが何度名前を変更しても警告が出る」のではなく
「シーンを開いた状態でそのシーンの名前を変えようとすると警告が出る」でした

だとしたら、「選択してないシーンの名前を変更したら、外部アプリで名前を変更してるのに警告はされない」
という事になってるのでしょうか...