シーンファイルはアセットファイルへのリンクが書かれてるだけのファイルだからリンク先のデータも一緒にコピーしていかないと意味ないぞ

そしてファイルの階層は関係ない
リンクはmetaファイル内のGUIDというIDを目印にしてるからmetaファイルさえ無事ならばmissingにならない