>>597
AnimatorControllerとAnimatorの区別をハッキリさせる必要がありそうです。

・AnimatorController
AnimatorControllerはプロジェクトに保存されるシーンとは独立したアセットです。
ステートマシン(矢印繋いだり、Motion設定する)のデータはここに保存されています。

・Animator
Animatorはシーン上でゲームオブジェクトに取り付けるコンポーネントです。
どのAnimatorControllerを適用するかの"参照"を設定し、シーンに保存します。

冷静に考えるとややこしい話ですが、Animatorウィンドウで編集してるのはAnimatorではなくAnimatorControllerなんです...
そして、AnimatorControllerが設定済みのオブジェクトをシーンで選択した場合も設定中のAnimatorControllerの編集画面に切り替えてくれます。
これが混乱を招いた原因かと思います。

あくまでもAnimatorウィンドウが開いているのはアセットなので新規シーンに切り替えてもAnimatorウィンドウに影響はありません。