案の定、拡大率100%ならどの画面解像度でどの操作をしても表示は崩れなかった。

そして、アクションゲームツクールの実行ファイルを右クリックして[プロパティ] -> [互換性]タブ -> [高DPI設定の変更] -> [高DPIスケール設定の上書き]で
上書きチェックボックスを有効にして、[拡大縮小の実行元]を[システム]か[システム（拡張）]に設定したら
今まで崩れて歯抜けになっていた操作でも崩れなくなった。
しばらくこのまま安定して使えそう。

解像度高いと老眼にはキツいし、ツクール触る時だけ解像度変更するの嫌だなぁと思ったけど
解像度も拡大率も変えず、レジストリも直接弄らず怪しいソフトを入れなくても解決できそうな方法があって良かった。