座標指定の方法をたとえばエフェクト出てる状態でマウスで掴んで調整、みたいなのが欲しいのでは？
ピクチャ指定はそんな感じなってるし要望がそうだとして気持ちはわからんでもない
ただエフェクトってやれること多すぎるから座標指定が解消されても次にまた文句出てくるだろうし
全て盛り込むとしたら機能多すぎて一本それ専用のソフトとして売れる＝ツクールの本分ではないってことになる