そのスクリプトは黒で予測軌道を描く部分だけでRigidBodyを使った計算はしていない
19行目が初速
vel = new Vector3(initVel * Mathf.Cos(angle), initVel * Mathf.Sin(angle), 0);
33行目が重力加速
y = vel.y * time - 0.5f * gravity * time * time;
時間毎に線分を描いている

実行結果はRigidBodyを使って線分通りに動くかの確認
RigidBodyと全く同じにしようすると計算が若干複雑になる
y = vel.y * time - 0.5f * gravity * (time * time + time * Time.fixedDeltaTime);

適当に見繕った参考ページでUnityの例なのでRigidBodyの挙動は異なる可能性がある
RigidBodyを模倣するより座標を自前計算する方が楽