ノードの構造が変だと指摘されてノードから見える親を調べてる時点で有能に思う
埋め込んだコードが二回実行されるのが変だと気が付くのも有能
一度しか呼ばれない前提のコードが二回呼ばれているならば誰が呼び出しているかを探す事になる

取得した情報で自分自身の親情報が取れているのでどこにコードが存在しているかはおおよそ判る
ここで親がrootと表示されている事で自身が管理しているツリーに無いノードが存在している事が判る

GodotEngineの仕様を知っていればカレントツリーの上にrootがある事も判るのだけれど
初心者向け解説で触れているのは見かけないのでここは躓きポイント
root配下にカレントツリー以外がぶら下がる条件を知らないと更に躓く

そうなるパターンとしてはグローバルクラスが定義されている場合と
@toolなスクリプトが存在して勝手な振る舞いをしている場合
どちらの場合でも利用者が手を加えなければ勝手には発生しないので
設定を変えたりプラグインを導入していないかを確認する