おれの場合は普通にキャラ絵も描くしでドット絵は後から始めたのでツールもその流れだな
アルパカを挙げたのはキャラ絵を描くのにも必要十分て感じなので

何にせよいきなり複数のツールを使いだしてもロクな事にならんと思うので最初はユーザーの多いものを選んだほうが良いはず
トラブルシューティングを行う際にもユーザー数の裾野が広ければそれだけ同種のものが検索しやすい
なのでドット絵だからって必ずしもそれに特化したようなツールでなくてもいいよ

クリスタもアルパカも48*48のグリッド表示ができるので一枚絵のマップを作るのに良さそう