上手く行ったよ
敵キャラをまっさらなcharacter3dシーンで作り、そこにスクリプトを割り当てて
キャラのメッシュやナビゲーションエージェントなどをその子に置いたらいけた
さっきと構造は同じはずなんだけどなあ…
結局上手くいかなかった原因は分からず、よくわからんけどちゃんと動いた