どのプラグインを使ってメッセージウィンドウの大きさを変えてるのかわからんが
単純にScene_Message.prototype.messageWindowRectをいじって
ウィンドウの高さを増やしただけならちゃんと中段に表示されるぞ
どうやってメッセージウィンドウの大きさ変えたの？