無事解決したので報告します。

【原因】
原因は>>336でした。中間証明書が設定されていませんでした。

【解決方法】
お名前.comから送られてきたメールに、中間証明書へのリンクが記載されていました。
中間証明書は、管理画面やマイページからは入手することができない仕様だったため、存在に気づきませんでした。

【余談】
今後、同じように「お名前.comで作ったSSLが、さくらで適用できない」という人が現れた場合
・中間証明書は設定したか？
・お名前.comの場合、中間証明書が必ず存在する。送られてきたメールは確認したか？
と質問すると、数ある可能性の一つを潰せるかも…と思いました。

ありがとうございました