ありがとうございました。おかげさまでhg, cmake, ついでにgitまで使えるようになりました。
> MinGWはこっちの方がよくね？
MSYSを別途導入する必要があるようだったので>>23のMSYS_MinGW-w64_GCC_492_x86-x64_Full.7zを使うことにしました。

ところでffmepgのコンパイルをしていて些細な疑問を持ったのですが、
http://d.hatena.ne.jp/kamedo2/20130619/1371662769
のサイトを参考に音声コーデックのfdk-aacをffmpegにマージしてみました。
サイトに書かれていたとおり、
/FFmpeg/fdk-aac-0.1.1/
に移動して
　./configure --prefix=/mingw/i686-w64-mingw32
　make && make insutall
を実行し、そのあとffmpegのコンパイルをするべく
　cd ../ffmpeg-HEAD-4110828
でffmpegフォルダに移動し
　./configure --enable-gpl --enable-version3 --enable-nonfree --enable-libfdk-aac
　　--extra-ldflags=-static --extra-cflags='-march=native -mfpmath=sse' --optflags=-O2
を実行したところ問題無くconfigureは通りました。