正直この話は詳細は知らんが、いずれ検証するとして
一般論といておかしい点を書く。

まず輸送船団の護衛は海軍の任務であり
陸軍機にはそんな能力は無い。

そもそも開戦前の輸送船団に、航空機が上空を護衛なんかやるだろうか？
しかも陸軍機が？
さらに航続距離が非常に少ない97式戦闘機が？
できないし、ありえんｗ

開戦前の平時の船団なんだから、かえって敵に事態を察知される。
航空機の上空護衛とか、そんな話はそもそもおかしいわな。
海軍の護衛艦は護衛するが、これは別に変ではない。

英軍の飛行艇を発見した海軍の護衛艦はただちに
零式水上偵察機を発艦させ、こちらの意図を察知されないよう
うまく追い払おうとした。
もちろん開戦前だから、戦闘行為はできない。
しかし敵は退避しないから、海軍の偵察機は無線で
どう対処するか指示を仰ぎ、撃墜せよと支持が下った。
こんな経緯ではないだろうか。
南部仏印に海軍の戦闘機は配備されてるだろうから
それを呼んだか、まあそこまでしなくても飛行艇なら
零式水上偵察機自身で軽く撃墜できるであろう。
陸軍機が絡んでくる要素なんか全く無い。
ありえない。