ヤマトのワープはスタートレックで言うトランスワープに近い物でエンタープライズはもとより惑星連邦でも現時点では不可能な技術だったと思う。
通常航行能力もヤマトのほうが速い。ヤマトは光速の99.9％で通常航行可能だけど、エンタープライズのインパルスエンジンでは最大でも80％程度だそうだ。
武装を見れば波動砲とフェイザーの威力を比べれば波動砲に圧倒的に威力が上だろう。ただ光子魚雷はかなり強力だし射程が長い（波動砲の80倍ほど）が誘導できないのがネックかな。
あとエンタープライズには無い艦載機の存在もヤマトを有利にしそう。

ワープ性能・エンジンスペック・武装の威力・戦術の多彩さではかなりヤマトが有利と見てる。