そういう想定と言うか、その可能性が高いと見なして立案した、のが正しいかと。
実際には図演でＭＩ攻撃中に米空母が出現して横やりを喰らう場面が発生してます。
米空母が出現する可能性があるのはＧＦ司令部も南雲司令部も「百も承知」だったと思います。
そのため、その可能性に備えての半数待機であり索敵実施なのです。
南雲長官は、「敵は出て来ないと舐めきっていた」というのは完全に誤りです。

ただ、事前情報では敵空母出撃の兆候がなく、当日の索敵でも利根４号機以外からは敵発見の報告がなかったため
「（今は）付近に敵艦隊なし」と判断しただけの事でしょう。

なお、当日の攻撃スケジュールについても、史実を知る我々だからアレコレ言えるのであって、現実には史実以上のスケジュールは立てられないと思います。
まあ、以前に誰だったか「黎明攻撃」などと言う電波発言がありましたが、、、
誰でしたっけ、師匠？